El parc s’estén des dels peus de la Serra de Rodes, al nord, fins a la desembocadura del Fluvià Vell, al sud, abraçant una superfície de 4783 ha . La conversió dels Aiguamolls en Parc data de l’any 1983 i gaudeix de protecció legal. Actualment és el segon parc més important de Catalunya.

L’interès de les zones marjalenques es basa en el fet que són llocs productius des del punt de vista biològic i, per tant, acullen un bon nombre d’espècies animals i vegetals. En uns aspectes, els Aiguamolls de l’Empordà són importants per a Catalunya i, en d’altres, com en les migracions dels ocells, tenen una gran importància internacional com a refugi de moltes aus migratòries.

Les millors hores per observar els ocells són el matí i el capvespre, i les èpoques en què hi ha més espècies són les de les migracions (març/maig i agost/octubre), encara que durant tot l’any s’hi poden veure espècies interessants.

El parc disposa d’un centre d’informació i documentació, d’estació meteorològica i d’un aparcament vigilat (de pagament), entre d’altres serveis, cosa que garanteix una visita cultural, agradable, interessant i completa.